铭创配资公司www.amazonenemy.com 还原始末:中国医学科学院如何用5例病症找出新型冠状病毒

1月12日,世界卫生组织将新型冠状病毒暂时命名为2019nCoV,为历史上第7个可感染人的冠状病毒。

根据国际病毒分类学委员会的标准,一致性低于90%即可判定为一种新病毒。

此次新型冠状病毒肺炎的“元凶”是如何被鉴定出来的?中国医学科学院等科研单位1月30日发表在《中华医学杂志》英文版上的一篇论文记录了发现过程。

从2019年12月24日至2020年1月1日,研究人员对这5例病患完成了采样,作为国家卫健委认可的突发公共卫生事件调查内容。

从系统发育的角度来看,这种新型冠状病毒最接近2005年发现于浙江舟山菊头蝠体内的SARS样冠状病毒,核苷酸相似度为87.6%至87.7%,但处于不同的分支。此外,它们都包括一个完整的开放阅读框8基因区域,进一步表明新病毒可能起源于蝙蝠。

此外,它可能的受体结合区氨基酸序列类似于SARS病毒,或许使用相同的受体。

具体来说,1号病例为65岁男性铭创配资公司www.amazonenemy.com,华南海鲜市场商户铭创配资公司www.amazonenemy.com,发病时咳嗽少痰铭创配资公司www.amazonenemy.com,持续发烧,16天后发展出严重气短。

测序结果显示,5个样本均存在一种此前未知的β属冠状病毒(SARS、MERS亦为该属)。

3号病例为52岁女性,发烧、咳嗽,CT胸片呈现玻璃样浑浊,唯一未出现急性呼吸窘迫综合征的病例,1月8日(出现症状后17天)出院。

原始测序数据经过滤后,得到了12.0%至92.0%的高质量数据,其中,5号样本具有最高的病毒读取比例。几乎所有的病毒读取数据都属于冠状病毒。经过拼接,研究人员得出了病毒的全基因组序列。每个样本对全基因组序列的映射比例从4号样本的0.27%到5号病人的85%不等。

国家卫健委病原系统生物学重点实验室和中国医学科学院/北京协和医学院病原生物学研究所克里斯托弗•梅里埃实验室是论文的第一单位。

同源性分析表明,这些全基因组序列与SARS冠状病毒和MERS冠状病毒的相似度则分别为79.0%和51.8%。

ZC45 和ZXC21),为87.6%至 87.7%,不过,令人惊讶的是,在冠状病毒最保守的RNA聚合酶序列上,样本病毒与蝙蝠病毒SL-CoV ZC45只显示出89.0%的一致性。

5例患者发病时间为2019年12月15日至12月22日不等,于12月18日至29日之间入住金银潭医院,表现出发热、咳嗽,白细胞计数不同,但淋巴细胞数普遍低。患者病情进展迅速,截至论文完成有4例出现急性呼吸窘迫综合征,2例给予体外膜肺氧合,1例出院,1例死亡。其中,有2例未报告华南海鲜市场接触。

5号病例为61岁男性,在华南海鲜市场工作,发烧、咳嗽、呼吸困难7天后住院,合并慢性肝病和腹腔黏液瘤,最终死于多器官衰竭。

新病毒!可能起源于蝙蝠

研究团队收集了武汉金银潭医院5例重症肺炎患者的临床数据和支气管肺泡灌洗液(BAL)样本,利用下一代测序技术检测灌洗液中提取的核酸。最后,研究团队分离出病毒并建立起最有可能的系统发育树。

2号病例为49岁女性,华南海鲜市场员工,发病时高烧、干咳,5天后出现呼吸困难。。

这5株病毒序列高度同源,其核苷酸相似度高达99.8%至99.9%。它们与SARS冠状病毒和MERS冠状病毒的核苷酸相似度则分别为79.0%和51.8%,可能与SARS病毒使用相同的受体。

拼出病毒全基因组

构建起来的系统发育树显示,新型冠状病毒和蝙蝠SL-CoV ZC45 和ZXC21病毒密切相关,但属于一个独立的进化分支。新病毒包含ORF3和完整的ORF8基因区域,这是蝙蝠源冠状病毒的特征序列。种种迹象表明它很可能起源于蝙蝠

每个样品包含200微升的支气管肺泡灌洗液,研究人员从中提取核酸,获得了50微升的洗脱液。

与之相似度最高的是2005年在舟山发现的两株菊头蝠携带的SARS样冠状病毒(SL-CoV

来自5例病患肺深部的样本

4号病例为41岁男性,发病时高烧、干咳,7天后发展出急性呼吸道窘迫综合征。

这5个拼接出的冠状病毒全基因组序列的核苷酸相似度高达99.8%至99.9%。基因组结构5′-ORF1ab–S–E–M–N–3′与最著名的蝙蝠SARS样冠状病毒相似。此外,它们具有Sarbecovirus亚属特征的开放阅读框。

1月26日,这5株2019新型冠状病毒全基因组序列被国家基因组科学数据中心(NGDC)收录。(本文来自澎湃新闻,更多原创资讯请下载“澎湃新闻”APP)

此外,样本几乎没有读出任何已知细菌病原体,包括链球菌、鲍曼不动杆菌和假单胞菌。

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posted @ 20-02-04 04:34  作者:admin  阅读量:

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